嘉靖皇帝朱厚熜去世后，留下的是一個(gè)爛攤子。當(dāng)時(shí)，各種弊政存在，吏治腐敗，官民矛盾重重，這時(shí)的大明王朝，民眾受心學(xué)影響，思想也更加自由開放，傳統(tǒng)道德觀念受到強(qiáng)烈沖擊，被壓榨后的農(nóng)民忍無(wú)可忍，起來(lái)造反暴亂。
在經(jīng)濟(jì)方面，沿海漸已發(fā)達(dá)，但土地兼并嚴(yán)重，民間一片繁榮，政府卻因特層權(quán)貴免于收稅，使國(guó)庫(kù)稅收銳減，百姓因沒有土地而流離失所，而長(zhǎng)期的官風(fēng)腐化，也使得官吏效率低下，積案要案未能及時(shí)偵破，有令不行，許多措施得不到真正執(zhí)行。。
以前南方倭寇騷擾，雖然有俞大遒、戚繼光等名將，然而倭寇流竄各地，十分狡詐惡毒，連續(xù)戰(zhàn)爭(zhēng)也使得將士疲憊，國(guó)庫(kù)告急；北方有韃子時(shí)不時(shí)來(lái)騷擾，兵犯大同遼陽(yáng)一帶，搶掠百姓，遼陽(yáng)指揮王承德戰(zhàn)死，持續(xù)不斷的搶殺擄掠，使百姓將土地拋棄，出現(xiàn)成片的荒地。
穆宗自繼位后，面對(duì)內(nèi)憂外患，國(guó)庫(kù)空虛的局面，他決心勵(lì)精圖治，割除陳弊，推出新政。他聽取大臣意見，結(jié)合自己在民間所見所聞，采取一系列為民措施，讓大明王朝煥發(fā)生機(jī)。剛繼位后，穆宗便下令，撤掉嘉靖帝在西苑所建修仙宮殿匾額。
因?yàn)榧尉富实燮珢鄣澜�，那些鉆營(yíng)投機(jī)分子，便大肆修建道館，鋪張浪費(fèi)，奢靡成風(fēng)。對(duì)于道士煉丹打蘸等行為，穆宗十分厭惡。在下令對(duì)親近嘉靖皇帝的道士絞殺后，對(duì)很多道館進(jìn)行關(guān)閉，使這些蒙吃混合的人，妄想在皇上面前能夠混上榮華富貴無(wú)恥之徒，偃旗息鼓。
接著解決了香料用品耗費(fèi)，根據(jù)戶部匯報(bào)，每年有數(shù)十萬(wàn)斤香料用品，在廣東采辦及順天府召商收買，使得朝廷費(fèi)用極大，而百姓心生怨言，應(yīng)該按照出產(chǎn)地征派，可以節(jié)省一大筆費(fèi)用，這樣對(duì)朝廷百姓都有利，眾臣拍手贊成。
穆宗采取大臣意見，完善科舉考場(chǎng)事宜。兩京鄉(xiāng)試主考官選用品學(xué)兼優(yōu)者提任，不宜論資排輩。兩京同考官應(yīng)廣取正卷呈送主考，主考也可親自檢閱落卷，有特殊才能者可以破格錄取。主考官只發(fā)初場(chǎng)試卷。然后給同考分別校閱，不宜專委一人，以免遺漏真才實(shí)學(xué)之士�？季硪獓�(yán)格樣本，限定字?jǐn)?shù)，違者不與復(fù)錄。發(fā)榜之日，將考取人的試卷交提學(xué)官查驗(yàn)，以防偽濫，杜絕作弊。
對(duì)于邊防一事，討論方案，選派合適人選到北部邊界。先前在朝堂上爭(zhēng)論不休的北部邊界人選，最后選定譚綸去上任。譚綸本是浙江按察副使，在抗倭戰(zhàn)役中立下赫赫戰(zhàn)功，與戚繼光是上下級(jí)關(guān)系，譚綸調(diào)任薊遼總督，此時(shí)倭寇漸已漸漸被趕出邊界，不敢冒然來(lái)騷擾。
他啟用抗倭名將戚繼光總管京城門戶防衛(wèi)與東北邊防，戚繼光的車馬陣就此發(fā)明；任用曹邦輔為兵部侍郎，王崇古任宣大總督，主管剿匪事務(wù)，由此邊防大定。另外，穆宗又升任李成梁為遼東總兵，大修戰(zhàn)備，積極防御東北邊患。
穆宗用徐階，高拱，李春芳，張居正等幾位賢臣，除陳革弊，平反冤獄，宣布“自正德十六年以后，至嘉靖四十五年十二月以前，將嘉靖朝時(shí)言官御史上書獲罪之人，都予以平反，這樣大開言路，也為朝堂大臣爭(zhēng)辯創(chuàng)造了條件。
穆宗通過(guò)民間生活了解和南京一行，對(duì)鄉(xiāng)民生活艱難頗是理解同情，派出忠誠(chéng)正直的監(jiān)察御史，到各地去檢查土地使用情況，目的是抑止土地兼并，限制霸田，讓大臣制定了勛戚宗室依次遞減制度，清理田產(chǎn)，清查弄虛作假、倒賣錢糧和皇室宗戚田莊。
穆宗深感吏治腐敗問題，多次召集徐階，高拱商議，曾下大力氣重重整治，對(duì)五品以上官員，三年一考察，六年大考察，京城官吏為此不敢懈怠，戰(zhàn)戰(zhàn)兢兢，恪盡職守，出現(xiàn)了相對(duì)清明廉政的局面
隆慶二年，張居正看到穆宗勵(lì)精圖治，便信心百倍，決定上書穆宗，舉出《陳六事疏》。他根據(jù)正德、嘉靖兩朝以來(lái)的官場(chǎng)積弊，從省議論、振紀(jì)綱、重詔令、核名實(shí)、固邦本、飭武備六個(gè)方面提出改革的重大舉措。
張居正在嘉靖年間，就曾經(jīng)上書《論時(shí)政疏》，然杳無(wú)音信。此次上書，他滿懷信心，要改變朝廷弊端，力求徹底改變大明狀況。
《陳六事疏》內(nèi)容:
“臣聞帝王之治天下，有大本，有急務(wù)；正心修身，建極以為臣民之表率者，圖治之大本也；審幾度勢(shì)，更化宜民者，救時(shí)之急務(wù)也。大本雖立，而不能更化以善治，譬之琴瑟不調(diào)，不解而更張之，不可鼓也。恭惟我皇上，踐祚以來(lái)，正身修德，講學(xué)勤政，惓惓以敬天法祖為心，以節(jié)財(cái)愛民為務(wù)：圖治之大本，即以立矣。但近來(lái)風(fēng)俗人情，積習(xí)生弊，有頹靡不振之漸，有積重難反之幾，若不稍加改易，恐無(wú)以新天下之耳目，一天下之心志。臣不揣愚陋，日夜思惟，謹(jǐn)就今時(shí)之所宜者，條為六事，開款上請(qǐng)，用備圣明采擇�！�
一、省議論
臣聞天下之事，慮之貴詳，行之貴力，謀在于眾，斷在于獨(dú)�！�
二、振紀(jì)綱
臣聞人主以一身而居乎兆民之上，臨制四海之廣，所以能使天下皆服從其教令，整齊而不亂者，綱紀(jì)而已……
三、重詔令
臣聞君者，主令者也，臣者行君之令而致之民者也。君不主令則無(wú)威，臣不行君之令而致之民則無(wú)法，斯大亂之道也……
四、核名實(shí)
臣聞人主之所以馭其臣者，賞罰用舍而已。欲用舍賞罰之當(dāng)，在于綜核名實(shí)而已，臣每見朝廷欲用一人當(dāng)事者，輒有乏才之嘆�！�
五、固邦本
臣聞帝王之治，欲攘外者必先安內(nèi)，書曰民為邦本，本固邦寧，自古極治之時(shí)不能無(wú)夷狄盜賊之患，唯百姓安樂家給人足則雖有外患而邦本深固自可無(wú)虞……
六、飭武備
臣惟當(dāng)今之事其可慮者莫重于邊防，廟堂之上所當(dāng)日夜圖畫者亦莫急于邊防。邇年以來(lái)虜患日深，邊事久廢，比者屢蒙�！�